După absolvirea facultății, în 1971, Mugur Isărescu a lucrat ca cercetător științific la Institutul de Economie Mondială din București pentru următorii 19 ani.
A luat contact cu țările cu economie de piață, participând la cursuri în Statele Unite. În anul 1989 a obținut titlul științific de doctor în economie cu teza „Politici ale ratelor de schimb”.
După Revoluția din 1989, a lucrat la Ministerul Afacerilor Externe, apoi ca reprezentant comercial la Ambasada României din Statele Unite ale Americii, iar din septembrie 1990 a fost numit Guvernatorul Băncii Naționale a României.